Aunque Inuyasha demuestre que sigue enamorado, no puede negar que siente algo más que amistad hacia Kagome. Por esa razón tiene serias dudas, ya que se empieza a sentir atraído por Kagome, a pesar de que no puede olvidar a su antiguo amor: Kikyō. Al principio decide quedarse con Kikyō, pero después se siente muy indeciso por los celos que siente hacia Kagome cada vez que se le llega a acercar Kōga.

En algunos capítulos se descuida y lanza indirectas, o hace cosas que ni muerto haría estando consciente, sobre todo cuando pierde sus poderes en la noche tenebrosa (la primera vez que ocurre es en el capítulo 13) y en la que le confiesa a Kagome que tiene un aroma adorable; en otros capítulos ocurren cosas parecidas, intentan declararse pero siempre acaban siendo interrumpidos por alguien, a veces es el propio Inuyasha quien estropea la situación.

Inuyasha está confuso, aunque ha demostrado muchas veces, simplemente, que cuando ve a Kikyō siente un gran dolor porque cree que fue su culpa que haya sido asesinada (además de no poder concebir el hecho de haber desconfiado del amor que, hacía 50 años, había sentido por ella), Kikyō todavía sigue enamorada de Inuyasha y en un capítulo del manga le dice que ella nunca dejara que otro hombre que no sea él le toque un cabello.

Aunque en el capítulo 465 del manga Kikyō muere después de una batalla con Naraku, Inuyasha le confiesa a Kikyō entre lágrimas que fue la primer mujer que amo en este mundo y la besa, entonces Kikyō desaparece y muere, no sin antes reconocer que su alma ha sido salvada.

Al final del manga, el pozo vuelve a funcionar misteriosamente y Kagome y él se reunen de nuevo y se casan, quedandóse ella a vivir en el Japón feudal.